2013年12月28日，《中华人民共和国公司法》将注册资本实缴制改成认缴制，同时删除了“股东缴纳出资后，必须经过依法设立的验资机构验资并出资”的规定。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（三）》第二十条规定“当事人之间是否已履行出资义务发生争议，原告提供对股东履行出资义务产生合理怀疑证据的，被告股东应当就其已履行出资义务承担举证责任。”根据《国务院关于印发注册资本登记制度改革方案的通知》第二条第一款规定“公司应当将股东认缴出资额或者发起人认缴股份、出资方式、出资期限、缴纳情况通过市场主体信用信息公示系统向社会公示。公司股东（发起人）对缴纳出资情况的真实性、合法性负责、”。
根据上述规定可知，公司登记时无需提交验资报告，工商登记对股东实际出资情况并不负责核实，也不具备赋权能力，股东应当对是否已经履行出资义务承担证明义务。如股东未实缴出资，公司债权人有权要求股东在未实缴出资范围向债权人承担补充责任，已实缴出资股东负有举证证明其已完成实缴出资义务的责任。
股东证明其已实际缴纳出资义务的方式如下：
1、公司章程、出资协议
通常公司章程或股东与公司的出资协议会约定公司各股东之间的权利义务关系，尤其会对股东的出资要求作详细的约定，包括股东应在何时以何种方式完成实缴出资。股东可根据公司章程或股东出资协议结合银行转账记录或实物移交凭证等证据证明股东已按约定完成实缴出资。
2、出资证明书
《中华人民共和国公司法》第三十一条规定“有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书。出资证明书应当载明股东的姓名或者名称、缴纳的出资额和出资日期。出资证明书由公司盖章。”，从上述规定可以看出，出资证明书是证明投资人已经依法履行缴付出资义务的法律文件。股东缴纳出资后应当要求公司出具相应的出资证明书以证明其已完成出资。
3、验资报告
根据《中国注册会计师审计准则第1602号——验资》第三十四条规定“验资报告具有法定证明效力，供被审验单位申请设立登记或变更登记及据以向出资者签发出资证明时使用。”因此，出资人可通过要求公司委托注册会计师对公司注册资本的实收情况进行查验，依据验资报告来证明其已经实际履行了出资义务。
4、银行转账记录或资产评估报告
出资人通过现金出资的，应当保存好银行转账记录，并在汇款时在银行转账备注栏填写该笔款项的用途“股东出资款”，以证明其已实际缴纳出资。如股东通过实物缴纳出资的，应当委托具有合法资格的评估机构对该财产进行评估，并应当及时办理实物的产权变更登记手续或移交手续。
5、财务记账或财务报告
股东的实缴出资款属于会计科目中所有者权益的“实收资本”。公司收到股东的实缴资本后，按相关的会计准则应当增加“实收资本”余额，并作相应的财务记账记录及体现在公司资产负债表、现金量流量表等财务报告中。股东应及时查看公司财务账册，核实公司是否已经妥善进行财务记账，且已体现在相关财务报告中，该等记账记录和财务报告可作为股东实缴资本的证明。
6、核查注册资本的完税证明
根据《中华人民共和国印花税法》第五条之规定，营业帐簿所记载的实收资本（股本）、资本公积合计额为印花税的计税依据。如股东实缴出资的，公司需要按照实缴出资额的万分之五缴纳印花税，税务机关可就缴纳印花税出具完税证明。所以，核实股东实缴资本是否已经缴纳印花税并要求税务机关提供相应的完税证明，可作为判断股东是否已经实缴出资的证明。
7、公司年报
根据《国务院关于印发注册资本登记制度改革方案的通知》第二条二款规定，先前的企业年检制度已改为年度报告公示制度，企业应当按年度在规定的期限内，向工商行政管理机关报送年度报告，并向社会公示。企业年度报告的主要内容应包括公司股东(发起人)缴纳出资情况、资产状况等，企业对年度报告的真实性、合法性负责，工商行政管理机关可以对企业年度报告公示内容进行抽查。因此，公司股东可以通过公司年报来证明其已尽实缴出资义务。
8、工商登记
虽工商登记无需股东提供验资报告，工商机关对企业对外公示的实收资本情况也不进行核实，但工商登记的具体情况仍是债权人核实股东是否已经实缴出资最常见的方式。如股东已实缴出资，通过工商登记对外公示的实缴出资信息也可以作为证据之一。
结语：在实务工作中，有部分中小企业股东因未通过规范方式向公司履行出资义务导致自身合法权益无法得以保障，例如通过向公司供应商支付货款或者替公司偿还债务的等方式。由于该等出资款并非直接向公司提供，因此难以界定该款项系股东的出资款还是股东向公司提供的借款，股东因此或将承担在未实缴出资范围向公司债权人承担补充责任的风险。为此，笔者建议：如股东通过现金出资的，应当通过向公司基本户转账并备注“股东出资款”，还应当要求公司提供出资证明书，并及时监督公司进行财务记账和办理企业信息公示登记手续；如股东通过实物出资的，还应当委托具有合法资格的评估机构对该财产进行评估，并应当及时办理实物的产权变更登记手续或移交手续。
